简单地说，中统主要负责党务情报工作，军统主要负责军事情报工作。这两个机构共同组成了国民政府的特务系统。
但是在实际行动中，两者的业务范围划分不清，两个机构的职权高度重叠，常常出现暗斗，甚至火并。
就像两个人都在一个锅里抢肉吃，难免不发生矛盾。关于这一点，电视剧《潜伏》中就有多处细节展现。
如此一来，不仅降低了国民党特务机构的办事效率，甚至经常贻误战机，被我方反将一军。
陈立夫（右）、陈果夫（左）
中统与军统的矛盾是国民政府中派系的斗争
中统背后的老大是国民政府的CC系，也就是陈立夫、陈果夫兄弟。军统的老板是戴笠，他直接听命于老蒋，根本不鸟二陈。
在最初的国民政府中，蒋校长的地位并不高，经常受到汪精卫等人的轻视和排挤。多亏有了陈家兄弟的鼎力相助，蒋校长才能爬上国民党一把手的宝座。
中统最早可以追溯到老蒋政府在1927年5月成立的“清党委员会”。陈立夫为第一负责人。在老蒋的疯狂迫害下，我方为了保存实力，被迫转到地下，隐藏起来。
1928年，老蒋与陈氏兄弟合谋成立了“党务调查科”。后来升级改组为“党务调查处”。
职责有二：一是针对国民党内的斗争，搜集情报。二是搜查、清剿我地下党成员。
在白色恐怖的笼罩之下，陈立夫逐渐成长为了心狠手辣的特务头目，老蒋的得力干将。
与此同时，老蒋军队里的“参谋本部第二厅”也成立了特务处，专门从事暗杀活动。其骨干成员由原先戴笠领导的“力行社”组成。
面对老蒋的步步紧逼，我们只好被迫成立了“中央特科”，专门对付老蒋的这个特务组织。
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1938年初，老蒋扩大了自己的特务组织。将cc系的原班人马独立出来，组成了“中央执行委员会调查统计局”，简称“中统”。内部代号：一处。
同时成立了“军事委员会调查统计局”，简称“军统”。主要由戴笠负责。这就是老蒋的特务组织“二处”。
老蒋还单独搞了一个特务机构，特检处，隶属于军事委员会办公厅。主要从事全国往来的邮电信息检查。也被称为三处。
戴笠
老蒋之所以搞这么庞大的特务组织，从侧面反映出了我方地下工作十分出色；另外一个考虑是，借机制衡一下“CC派”。这与明朝设立东厂、西厂等特务机构类似。
相同的历史情节总是一遍又一遍地上演，只不过这次是在国民政府内部。
老蒋本想通过戴笠制衡“CC系”。没想到戴笠却野心勃勃，私底下搞小动作，成立了警坛社”的秘密组织。
傻子都能看得出来，戴笠企图扩大自己的权利，大有尾大不掉之势。老蒋打算裁撤军统。但是戴笠却委婉地拒绝了。
老蒋气得拍了桌子，骂了娘。电令戴笠火速飞回重庆述职。就在这个节骨眼上，意外发生了。
戴笠回重庆，为什么要中途拐个大弯去上海？
两个特务机构最终命运
1946年3月17日，军统头子戴笠的专机从青岛飞往上海的途中失事，他摔死了。
对于这则消息，美联社是这样评价的：
中国秘密警察头子，中美合作组织首领，传奇性十足的戴笠死了。他的死与他活着的时候一样神秘。
很快，老蒋就下令改革中统和军统。事后看，改组后的这两个系统基本职能不变，只是裁减冗员，精简了机构。
其中，中统挂在党务部门名下，改名为“中央党员通讯局”，简称“党通局”。军统改名为“国防部保密局”。
结尾
抗战之后，老蒋与四大家族中的“cc系”，与戴笠矛盾越来越深，直接表现就是军统和中统的改组。军统与中统之间的矛盾却更深了。这虽然达到了老蒋制衡两派的目的，但是内耗严重，致使国民政府的谍报系统漏洞百出，直接导致了蒋家王朝的灭亡。
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