嘉庆十三年（1808年）十一月初六夜里，江苏省淮安府山阳县知县王伸汉，邀请在当地出差的候补知县李毓昌等人到县衙赴宴。
酒席上，王伸汉殷勤劝酒，李毓昌盛情难却，多喝了几杯，结果酩酊大醉。散席后，李毓昌在长随的搀扶下，回到了投宿的善缘庵。一回到房间，李毓昌衣服也没脱，倒头就睡。
十一月初七，天刚蒙蒙亮，善缘庵突然一片喧哗。有人大叫：“来人啊！出人命了！”喊叫声很快就吵醒了庵里的僧人和周边的百姓。大家聚拢过来一看，李毓昌的三个长随李祥、顾祥、马连升在主人借宿的房间里号啕大哭。
再一看，李毓昌吊在房梁上，已经气绝身亡了！三个长随被眼前的一幕给吓傻了，痛哭流涕，手足无措，不知道如何是好。围观的百姓议论纷纷，有几个胆子大的簇拥着李祥、顾祥、马连升去山阳县衙报案。
李毓昌不仅仅是个候补知县，他也是嘉庆钦点的查赈官员，也即是钦差大臣的身份。钦差死在辖区可不是小事，山阳县知县王伸汉不敢怠慢，他马上带上幕僚、长随和仵作，赶往善缘庵查勘。
死者李毓昌，山东即墨人，三十七岁，嘉庆十三年，也就是案发当年的新科进士。明清时期新科进士的出路有很多，成绩最好的留在翰林院，成绩二等的分配到中央各部院衙门任职，其余的就就分配到地方各省任职，一般是知县。
进士分配到地方，名为“即用知县”，意思是一旦有知县的空缺，就优先分配他们去担任。即用知县的候补顺序，排在其他候补群体的面前。在等待分配的过程中，进士们往往会被分配到各地出差，办一些差事。
清朝官员没有实职，就没有俸禄。候补官员是没有工资的。但是办理差事，可以拿到一定的补贴。所以，候补官员抢着办差。各省会优先安排新科进士去办事，其实也是对他们的一种照顾。
李毓昌到江苏候补没多久，就分到了第一份差事。当年，苏北地区暴雨连绵，导致黄河决口，江苏淮安一带洪水泛滥成灾，房倒屋塌，老百姓生命和财产损失严重。嘉庆皇帝知道后，专门拨银九万九千两赈济灾民。
银子下拨到淮安灾区后，照例要派遣官员监督、核查银子的使用情况。嘉庆就想到了这个新科进士李毓昌，御笔点他担任山阳查赈官。
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到了山阳后，李毓昌多次谢绝应酬，找了清静的善缘庵居住。他马不停蹄地到灾区乡村实地调查，查看受灾情况，核对人口，检查资金的发放等等。眼看李毓昌就要完成核查工作返回了，想不到这个时候死在了借宿的房间里。
李毓昌案的报案人，同时也是此案的目击者，是李毓昌的三个长随。什么是长随呢？
明清时期的长随，表面看是官员家的奴仆，但和卖身为奴的家仆并不一样，长随是有服务期限、有人身自由的。长随和主人的关系更类似于现代的雇佣关系。明清时期雇用长随的一般都是官宦人家。当时的读书人当官后，发现所读非所用，苦苦读了几十年的圣贤书，并不能指导实际工作。
比如，李毓昌当官后，发现自己不知道的事情太多了，大到税赋钱粮如何征收核销，司法刑狱如何审判执行，小到官场如何交际应酬，日常如何穿戴言行。怎么办？他需要雇用熟悉这些情况的人来协助自己。于是长随这个职业就应运而生了。
长随未必读过书或受过专门的教育，但是他们知道官员应该如何穿戴言行，知道各个衙门都有哪些老爷，老爷们之间的关系怎么样。长随成为一种职业，官场的许多门道也在这个职业内部代代相传，所以，新任官员们需要他们协助自己开展工作。
尤其是那些外放地方的官员，他们来到人生地不熟的辖区，不得不自带一帮人监督政令执行，控制辖区官府，不得不雇用几个长随。长随们代表主子在衙门间执行公务，在官场上展开应酬。老百姓和衙门的书吏、差役往往尊称长随为“大爷”“二爷”。官员们则往往称呼长随为“朋友”。可见，长随离不开官员，官员也离不开长随。
李毓昌在北京的时候，就雇了自己的山东老乡，三十一岁的聊城人马连升当自己的长随。到了江苏后，他又雇了另外两个长随，他们都是江苏长洲县人，一个叫李祥，三十八岁；一个叫顾祥，三十二岁。
这三人，也是李毓昌案的报案人。其中李祥的年纪最大，陈述的案情也最多。
根据李祥的说法，他们九月底跟随李毓昌来山阳查赈，之后一个多月都在乡下核查。其间，李毓昌感冒，在善缘庵卧床调养。十一月初，李毓昌总是说身体不好，心中烦闷。
李祥看到主人神情恍惚，坐立不安，就要去请医生，李毓昌不同意。到了十一月初六的晚上，李祥看到李毓昌言语颠倒，话都说不清楚了，就和马连升一起，劝李毓昌早点儿休息，他们在旁边伺候着。
李毓昌吩咐几个长随都出去，不必伺候。李祥不放心，仍旧在房间里待着，结果李毓昌生气了，把他骂了一顿，赶出了房间。李祥等人没办法，各自回房睡觉了。
十一月初七早上，李祥等人早早起来，准备伺候主人起床，他们推开房门一看，主人已经吊在房梁上死了。他们三个人连忙呼救，可惜已经晚了，最后不得不报官。
根据李祥的说法，李毓昌有病在身，情绪失常，当天夜里赶走了佣人，自己悬梁自尽了。
顾祥、马连升两位长随替李祥作证，说主人确实是因病自寻短见，并无其他原因。三个人都说，李毓昌在乡下办完事回城后，精神就出了状况，“总说身体不好，心内慌瞀，神思恍惚，初六晚言语更觉颠倒。”
验尸的山阳县知县王伸汉采信了李祥等人的证词，认为李毓昌是悬梁自尽的。得出结论后，王伸汉将案情报告给了淮安知府王毂。
当时，淮安府驻扎在山阳县，淮安知府和山阳知县同城。接到王伸汉的通报后，淮安知府王毂不敢怠慢，经过现场勘验，王毂也认为李毓昌是悬梁自尽。
既然案发当地的府、县两级官员都认定李毓昌是自杀，同时又有李毓昌的三个长随做证，此案很快就被当作定案进入了正常的司法程序，一级级上报到了刑部。
江苏巡抚汪日章上报李毓昌案的题本被保留了下来。本子对李毓昌自缢场景以及事件全过程的描绘非常详细，可以算作是此案的第一个版本。
题本说：
“勘得善缘庵由大门进内，朝南正屋三间，东首朝南客屋三间，已故委员李毓昌在西首房内，面西背东，两脚站立床上，用蓝绸腰带缢于二梁木上。当验梁木上有灰尘滚乱形迹，自梁至床量高六尺九寸，板床离地量高一尺八寸。勘毕，饬令将尸解放平明地面，对众如法相验。据仵作李标喝报，验得已死委员李毓昌问年三十七岁；仰面两眼胞合，口微开，舌出齿二分，咽喉下有缢痕一道，起向两耳根，斜入发际，斜长七寸，深三分，阔五分，青红色，两手微握，两手心、十指、十指肚、十指甲缝，俱有坠青色.委系生前自缢身死。”
只要刑部认可这个报告，此事基本上就成定局了。李毓昌案就要按照这个版本被写入历史了。这个故事的另外一条线索是李毓昌家人的反应。对于李毓昌的“暴毙”，李家人怎么看呢？
李毓昌出生在山东农村，父母、兄弟都是农民，一辈子都没有走出本乡本土。他们见识非常有限，也没什么想法。李毓昌能在这样的家庭背景中读书赶考，考中进士，相当不容易，是全家人的骄傲。
李毓昌暴毙的消息传回山东即墨老家后，家里人哭成一片。从另外一个角度说，李毓昌生前，几乎没有从家里得到过政治帮助；死后，想让家里人替他出头，获得什么政治帮助，也是不可能的。
李毓昌有一个族叔叫李泰清。李泰清是一名武秀才。古代的科举考试，既有文举，也有武举。武举虽然一直不受重视，但和文举一样，也有武秀才、武举人、武进士等功名。李泰清就是一名武秀才，算是除了李毓昌之外李家唯一一个见过一点儿世面，能够出来做点事情的人。
李毓昌案案发的时候，李泰清刚好从山东出发，前往江苏探望侄儿。现在，李泰清就代表李家，到山阳县给侄儿料理后事来了。
山阳县知县王伸汉非常客气地接待了李泰清，把李泰清安顿得很周到，忙前忙后。李泰清对王伸汉的帮忙很感激。事先，王伸汉已经整理好了李毓昌的遗体，李泰清又收拾了侄儿的行李遗物，准备扶柩返乡。
李毓昌死后，三个长随和李毓昌的雇佣关系自然终结。马连升因为是山东人，愿意扶着旧主人的棺木一同返回老家。另外两个长随李祥、顾祥，帮忙料理完后事就计划到苏南去，另寻生路。王伸汉就给李祥、顾祥写了推荐信，推荐他们到苏南的两位朋友处当差。
离开山阳县之前，李泰清代表李毓昌的亲属亲笔写下具结：“生侄毓昌在淮因病自缢身死，已蒙验明，并无别故。今生情愿率仆马连升等将侄棺柩，搬回原籍埋葬。”
王伸汉前来送行，拿出一百五十两银子送给李泰清。这是相当厚重的一份礼了。李泰清一开始不敢收，最后因为盛情难却，收了下来。
临行前，王伸汉还嘱托李泰清：“死者入土为安，应早日安葬，以慰逝魂。”李泰清很是感动，他把侄儿的遗体一路护送回山东老家，入土为安。马连升也告辞后自谋生计去了。
日子又平静地过了几天，突然，有一天，李泰清在整理李毓昌留下来的书籍的时候，从一本书中飘落下来半张草稿。李泰清捡起来一看，大吃一惊！
原来，这半张纸上写着：“山阳知县冒赈，以利啖毓昌，毓昌不敢受，恐负天子。”李泰清脑袋嗡的一下就炸开了，他敏感地意识到，侄子的死大有蹊跷！
李泰清把这个消息告诉家人后，李毓昌的遗孀林氏也回忆到了一个可疑的细节。
一天，她整理丈夫留下来的衣物时，在一件长衫的衣襟上发现了一处深色的污渍，不知道是什么东西。她把长衫拿去清洗，那块污渍洗掉了，但是洗衣服的水变成了赤红色，凑上去闻闻，有一股血腥味。
至此，李家人开始怀疑李毓昌的死另有隐情。
之前，李泰清去山阳县为李毓昌料理后事的时候，李毓昌的遗体已经由山阳县知县王伸汉装殓了。李泰清只是草草看了一下侄子的面孔，发现遗体脸色惨白。他心中悲伤，就没有再细看。如今，李家人觉得李毓昌的死有问题，大家凑在一起商量怎么办。征得李毓昌遗孀林氏的同意后，大家决定开棺验尸。
李家人把李毓昌的棺木打开，发现尸体尚未腐烂，面色铁青。他们用银针刺进去，拔出来一看，针变黑了。显然，李毓昌生前中过剧毒，并不是简单的悬梁自尽。于是，李家决定为李毓昌申冤。
李家人一合计，都觉得李毓昌的死和他正在调查的赈灾问题有关系，也就是说这件事情和江苏的官员有莫大的关系。所以，他们不能按照传统的申冤程序，一级一级地向官府告状。
那样的话，他们会受到巨大的官场阻力。最后，李家决定，由李泰清代表大家直接到北京去告御状。
清朝的司法申诉程序是允许当事人越级告状的，是允许当事人直接到北京来告状的。有一个专有名词叫作“京控”，就是指当事人对地方官府的司法公正失去了信心，直接到北京来告状。都察院和五城兵马司都可以接受京控案件。
嘉庆十四年（1809年）五月初，在李毓昌案案发半年后，李泰清到达北京。考虑到李毓昌的官员身份，李泰清选择到都察院投递诉状。都察院负责政府机构内部的监察工作，是清朝官府自我纠错的责任部门。现任官员暴毙身亡，而且有证据显示生前身中剧毒，这事都察院的确得管。
都察院接到诉状后意识到事情很严重。几位负责人不敢轻易下决定，直接把案子递交给了嘉庆皇帝。嘉庆十四年五月十二日，都察院将此事如实具奏。
当时在位的嘉庆皇帝是一个想有一番作为的皇帝。无奈，他继承的江山已经走上了下坡路，官员办事效率低下、财政窘迫、吏治腐败，嘉庆皇帝一心要找出原因，然后寻找补救方法。
他思考的结论是：朝廷法制健全，制度完善，康雍乾盛世就是在这套体制上取得的，现在之所以问题频发，是因为官员们丧失了清正廉洁的作风，缺乏实干进取的斗志，以权谋私，贪污腐化，根子出在官员的思想上。
恰好在这个时候，都察院把李毓昌案呈递了上来。嘉庆皇帝御览后，气愤之余，决定把此案树立成反腐败运动的一面旗帜！
这就意味着，李毓昌案要成为一桩震惊朝野的大案了。
嘉庆十四年五月底，嘉庆皇帝颁布圣旨，指出李毓昌案事关朝廷职官之死，“疑窦甚多，必有冤抑”。
他指出了三大疑点。
第一是他至今没有看到江苏候补知县李毓昌自缢身亡的官方报告，可见江苏当地官府对一个现任官员的死是多么不重视。人命关天，官府这种态度，不是丧尽天良，就是有难言之隐。
第二个疑点是，如果李毓昌有自杀之心，为什么当天夜里还要参加酒宴？这在情理上说不通。
第三个疑点是，李毓昌死后，山阳县知县竟然赠送给迎丧的亲属一百五十两白银，远远超过了正常人际往来的数额，令人生疑。
同时，当地官府妥善安排了李毓昌的两个长随，把他们分别推荐给了江苏省内的实职官员当长随。如此厚待暴毙同僚的奴仆，也令人生疑。
嘉庆皇帝很有生活阅历，他直接指出李毓昌的死和山阳县的赈灾实情有莫大的关系。他说：“此案或系李毓昌奉差查赈，认真稽核，查有弊端，该山阳县畏其揭报，致死灭口，亦未可定。”
对于此案嘉庆皇帝明确指示：
第一，山东巡抚吉纶速将李毓昌的尸棺运到省城济南，委派明白干练的官员详细检验，据实回奏。
第二，两江总督铁保，速将李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升传集到案，认真审讯，如果发现有问题，将山阳县知县、淮安知府一并解任严参，押解到济南，归案审理。
圣旨末尾，嘉庆还警告相关官员，如果不秉公办理此案，“决不轻恕”。
嘉庆下令核查李毓昌案后，江苏省的压力是最大的。李毓昌案发生在江苏，而且江苏各级官府已经进行了审理，得出了李毓昌自缢身亡的结论并上报朝廷了。如果核查发现，李毓昌不是自缢身亡，那么相关官员都会受到严厉处分。所以，江苏省上上下下都很紧张。
当时江苏省最高长官是两江总督铁保。
铁保，出身满洲正黄旗官宦世家，二十岁就考中了进士，之后顺风顺水，平步青云，历任副都统、侍郎、山东巡抚、漕运总督。年轻的时候，铁保工作很认真、很负责。李毓昌案案发的时候，铁保已经五十七岁了。
对于他这样年纪的老人，成绩已经不重要了，重要的是安静地等待退休，颐养天年。所以，铁保不像原来那样认真负责了。
同时，铁保是清朝著名的书法家，他把主要时间和精力放到了读书练字上，在工作方面干脆当起了甩手掌柜。最近几年来，两江地区频繁出现工作失误，铁保多次受到嘉庆批评，但铁保做了几次检讨后，依然我行我素，不思进取。
铁保书法
对于李毓昌，铁保其实并不陌生，因为他是铁保的门生。十三年前，铁保是山东乡试的主考官，而李毓昌就是当年他录取的举人。李毓昌到江苏候补知县，也专门持门生之礼，拜会了铁保。
几个月后，铁保听说李毓昌上吊自杀了，他感到很奇怪，但也没有做进一步的调查。现在接到圣旨，铁保不敢怠慢，立刻亲自赶往淮安，提审相关人员：山阳县知县王伸汉、跟差胡太、验尸仵作李标、善缘庵僧人源福。
这四个人都坚持说当天看到李毓昌确实是自缢身亡，并没有服毒情形。
铁保要的就是这个结论。他觉得自己实地调查了，又亲自审讯了，算是完成了皇帝交代的严查任务，于是就打道回府了。
对于李毓昌案的关键证人，那三个长随，铁保只是问了一句“三人现在何处”，旁人回答，三人已经自谋生路去了，难以寻找，铁保就懒得去找了。
铁保没有仔细、深入地复查李毓昌案的另一个重要原因是，有嫌疑的山阳县知县王伸汉、淮安知府王毂都是他举荐的官员。铁保主观上不愿意发现他们两人涉案。
清朝的淮安府、山阳县是苏北重镇，是京杭大运河和淮河的交汇处，又是漕运总督衙门、河道总督衙门的驻扎地，地位非常重要。淮安知府和山阳县知县属于“要缺”，任命程序需要两江总督从江苏现任官员中举荐品行兼优、经验丰富、成绩出众的人担任。
现任淮安知府王毂，安徽黟县人，贡生出身，宦海沉浮多年，嘉庆十三年刚刚被铁保举荐担任淮安知府。
山阳县知县王伸汉，陕西渭南人，当时已经五十三岁了。王伸汉是捐纳出身，也就是花钱买的官，一开始只捐了个从九品，后来捐升知县。嘉庆十三年五月，山阳县知县出缺，两江总督铁保奏请以王伸汉署理知县，十月间正式奏报将他实授。
铁保在奏折中对王伸汉的评价是：“心地明白，办事认真，自委署山阳，办理漕粮一切事务均无贻误。今以之调补，实属人地相宜。”
所以说，铁保在主观上是不能够接受自己半年前刚刚大大夸奖、举荐的人才，涉嫌毒杀朝廷命官的，这不是自己打自己嘴巴吗？
就在铁保潦潦草草地复查的时候，同时展开调查的山东省方面取得了实实在在的进展。
李毓昌的棺木很快运到了济南。山东巡抚吉纶，会同山东布政使、按察使，带领济南知府、历城知县亲临现场检验尸体。但是，此时距离李毓昌死亡已经有八个月之久，尸体已经腐坏，从表面已经无法看出是毒杀还是上吊自杀。于是，吉纶等人决定做蒸骨检验。
不过，据《清稗类钞》记载，当时李毓昌的尸体虽然开始腐烂，但仵作用水银洗刷之后，还是能看到其身上有大片的青黑痕迹，显然是中过毒。
但是，在圣旨下达前，江苏省的相关官员早已经开始四处活动。王伸汉派人携带银子到济南来，想买通相关官员和书吏、仵作，希望他们帮忙掩饰。一部分官吏，因为人情也因为银子的缘故，答应为王伸汉掩饰。
得到贿赂的官员就借口尸身腐烂，证据不明显，要求进一步“蒸骨”检验。他们想用这个办法来刁难李毓昌的家人。为什么说蒸骨是刁难呢？
过去没有现代法医技术，对于疑难命案，常常使用“蒸骨法”。
蒸骨法是这样做的：先挖一个地窖，在地窖里堆放柴火，把四壁烧得通红，再把尸骨洗净，一般要剔除肌肉，抬进地窖里，除去里面的炭火，喷洒酒、酸，让尸骨在热气中存放一个时辰以上。
这其实是一个化学作用的过程。接着，把尸骨抬到阳光底下，验尸官迎着太阳撑开一把红油伞，检验尸骨。
人们很早就发现，红油伞能够过滤部分阳光，让经过了化学作用的尸骨呈现出深层次伤痕、中毒等特征。
但是，中国人认为“死者为大”，很难接受对亲属的遗体进行这样的处理。
然而，为了查寻真相，李毓昌的亲人含泪同意了蒸骨检验。六月十二日，验尸开始。蒸骨以后，仵作迟迟不来报告结论。在场的按察使朱锡爵知道其中必有隐情。
原来，王伸汉已经“遍贿上下”，蒸骨验尸的现场就有拿了银子、装聋作哑的官吏。尽管现场可以清楚地看到李毓昌的部分遗骨发黑，但仵作就是迟迟不报告。其他官员也装聋作哑，不表态。
朱锡爵还比较有正义感，他看到场面僵持在那里，装作生气的样子，高声大叫：“来人哪，取大木杖来！圣旨交办的大案，如果有人不据实呈报，给我立毙杖下！”
仵作被朱锡爵的架势给吓坏了，惊慌报告说：“尸体两锁子骨、肋骨全黑，余骨未全变色，是中毒后又以人力致死。”
也就是说，李毓昌生前中过毒，但真正致其死亡的是外力。仵作这么一报告后，其他有心为王伸汉做掩饰的官员也没有办法了。最终，山东省把李毓昌中毒后被外力杀死的结论上奏嘉庆皇帝。
嘉庆皇帝把山东开棺验尸的结果转发给了铁保，同时下令缉捕相关涉案人员。六月底，圣旨到达江苏，命令铁保和江苏巡抚汪日章将淮安知府、山阳县知县等人解职，连同所有人犯押往北京，由刑部审讯。嘉庆皇帝对江苏本地官员并不信任，不相信他们能查清楚李毓昌案，他要直接接手了。
铁保没有办法，只好拘拿淮安知府王毂、山阳县知县王伸汉及其长随包祥、张祥、余升，王家的厨子钱升，同时抓捕李毓昌的三个长随。
李祥、顾祥因为人在苏南，很快就被拘传到案；马连升不知去向，没有抓到。把他们押往北京之前，铁保对他们逐一讯问。
在讯问中，李祥等人解释说，李毓昌衣服上的血迹，是上吊时口中吐出的血。对于李毓昌为什么要自寻短见，李祥等人提到李毓昌在核查灾情的时候，曾受山阳县西陈庄一位姓陈的监生邀请，到其家中吃酒。
在酒席上，陈监生索取赈票数十张。赈票就是受灾证明，有了它就能够领取朝廷的救济。事后，李毓昌非常懊悔，坐立不安。
铁保马上下令查办这个姓陈的监生，很快查明此人名叫陈懋。陈懋承认，经过他再三邀请，李毓昌曾来他家中喝酒。他虚报了十二户名目，请求李毓昌帮忙，但是李毓昌并没有答应。
铁保把相关人等全部押往北京。同时，他给嘉庆皇帝上了一道奏折，陈述了自己的调查情况，他认为李毓昌自杀的可能性非常大。他在奏折中专门提到了李毓昌去陈家吃酒的事情，似乎想说明李毓昌的死另有隐情。总之，铁保内心还是希望李毓昌案能够按照自缢身亡来结案，不要多生枝节。
嘉庆皇帝随即命令将相关人等他们押往北京，由刑部严刑审讯。巧合的是，马连升当时正在北京跟随一位官员做长随。他得知此案已经通天，不得不到刑部自首。
恰恰就是这个马连升，在刑部办案人员的讯问之下，第一个崩溃，如实招供，说明了案发当天的真相。接着，李毓昌生前的长随李祥、王伸汉的长随包祥等人，也在严刑拷打之下，对当天的真相供认不讳。
根据这几个下人从不同角度陈述的事实，李毓昌案的真相可还原如下：
李毓昌生前的第一份工作也是最后一份工作是查赈。在很多官员看来，查赈就是例行公事，是找一些无关痛痒的小问题，写一份一团和气的核查报告。
这样，负责赈灾的官员，银子有了，功劳也有了；负责查赈的官员，补贴有了，还能拿地方官员的一份贿赂。总之，没有人把查赈当一回事。
但是，李毓昌初出茅庐，根本不知道这回事；他饱读诗书，充满理想主义。对于分配给自己的这份工作，他非常认真。他们几个查赈官员到达淮安府山阳县后，王伸汉安排他们入住官衙，盛宴相待。
李毓昌嫌官衙里繁文缛节太多，工作起来不太方便，就自己找了善缘庵，搬进去开始埋头工作。李毓昌干劲十足，他挽起裤腿，亲自跑到四乡八村，一处处地询问受灾情况，一家家地询问户口，核查救灾银的发放情况。
每到一个村庄，他都亲自制作户口资料，注明老幼人数，勘验受灾程度，重点检查有没有漏赈和冒领的现象。其间，王伸汉多次邀请他赴宴并赠送他礼物，李毓昌都却而不受。
很快，李毓昌就查明王伸汉大发灾难财，以救灾为名，虚报灾情，编造户口，贪污救灾银。从李毓昌掌握的不完全数据来看，王伸汉贪污的银子数以万计。
李毓昌非常气愤，认为王伸汉简直就是从灾民口中夺食。他把相关数据、情况都如实记录下来，准备上报。
看着自己的主人没日没夜地工作，跟随李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升坐不住了。他们倒不是担心李毓昌工作强度太大、太劳累了，而是担心李毓昌这么做会招惹祸害，进而连累他们这些奴仆。
长随们心甘情愿给官员们做下人，看中的不是合同里约定的每月那几两银子。他们甘愿为奴，看重的是官员的权力带来的额外收益。
套用现在的话来说，长随们是靠灰色收入生活的，这在历史上有个专有名词，叫作“陋规”。
比如，替主人去征收赋税的长随，本来征收一两银子的，他征收二两，自己贪一两；替主人处理司法刑狱的长随，可以吃完原告吃被告，向案件双方敲诈勒索，就连替主人看门的长随，也被人称为“门子大爷”，谁要见官员本人，都要给他塞红包。
这些额外的收益相当可观，远远高于长随们在合同里约定的收入。一些州县衙门里的长随，每年能得好几千两银子。这些情况，官员们都看在眼里，也都默认长随们这么做。
从根本利益上来看，长随和官员主子的利益是完全一致的。主人步步高升，官越当越大，长随们能够依靠的权力就越大，能获得的实际收益也就越高。所以，长随们都为主人的前途着想，巴望着主人能够平步青云。
李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升三人，跟随李毓昌，也是希望主人能够步步高升，自己跟着主人越来越有出息。李毓昌候补没几个月，就得到了查赈的机会，李祥三人非常高兴，以为自己可以跟着主子去淮安府吃拿卡要了。
想不到，李毓昌公事公办，天天带着他们下乡核查户口，调查真相，不仅劳累，而且没有任何油水。李祥他们虽然没有表现出不满来，但暗地里早就嘀咕开了。
后来，李祥又看到李毓昌把调查的情况写成材料，准备上报江苏省。他心想：“坏了！”李祥知道李毓昌这么做，会得罪一大批官员，会遇到巨大的阻力。
李毓昌在江苏省并没有根基，揭发救灾真相，最后吃亏的还是他自己。李祥觉得主人犯不着为了去揭发一件事不关己的问题赌上自己的前途。所以，他多次暗示李毓昌，此举不智。但是李毓昌没有领会李祥的暗示，执意要揭发山阳冒赈事件。
李祥没有做通李毓昌的工作，转而想起了自己的一个朋友。长随是一个相对成熟的行业，长随之间经常互通有无，形成了长随圈子。李祥有一个圈中朋友叫包祥，当时正在给山阳县知县王伸汉当长随。李祥就去找包祥商量怎么办。
两个长随一商量，商量出了事情来。李祥的本意是希望包祥给出个主意，更深层次的意思是希望包祥能和主人王伸汉说一下，让王伸汉在李毓昌揭发之前，尽量把这件事情给压下来。
但是，包祥后意识到事情非常严重，如果不及时阻止李毓昌揭发真相，自己的主人王伸汉就可能会丢官入狱，自己的利益就会大大受损。于是，包祥匆匆告别李祥，赶紧向王伸汉汇报。
主仆二人一致认为，要及时向李毓昌“做工作”，想尽一切办法不让他揭发。
王伸汉想到的第一个办法就是贿赂李毓昌。他通过包祥，先拉拢了李毓昌的三个长随。他向李祥等三人许以重赏，要他们向李毓昌转达，希望能用银子交换调查材料。
王伸汉放出话来，他愿意把贪污的救灾银子和李毓昌“五五分成”。李祥、顾祥、马连升三人非常配合，就替王伸汉去做主人李毓昌的思想工作。
李毓昌听了三个长随转达的意思，沉默了一会儿，然后对李祥等人说：“本年，我在参加殿试的时候，皇上给我们出的考试题目是《德本钱末》。我怎么能辜负皇上，做出贪污纳贿的事情呢？”他断然拒绝和王伸汉同流合污。李祥三人碰了一鼻子灰。
一计不成，王伸汉又想出一个办法：谋取李毓昌的调查材料。他又通过包祥，买通李祥等人，让他们去谋窃李毓查的调查名册。想不到，李毓昌把辛苦得来的调查材料随身携带，即便是睡觉，也带在身边。李祥等人根本没有机会下手。第二个方法也行不通。
王伸汉无计可施了，只好去找淮安知府王毂商量，请求王毂代为疏通，向李毓昌求情。这个王毂其实也不干净。救灾的银子虽然是王伸汉贪污的，但是王伸汉拿出了很大一部分赃银，上下打点。其中王毂就拿了王伸汉两千两银子。
在阻止李毓昌揭发真相这件事情上，王毂和王伸汉是同一个战壕里的战友。他很愿意帮王伸汉这个忙，于是邀请李毓昌到知府衙门来。但是，李毓昌在调查中隐隐约约发现了王毂和王伸汉贪污有莫大的关系。他知道王毂在这个时候找自己，肯定是替王伸汉求情来了，所以李毓昌婉拒了王毂的邀请。
王伸汉能够想到的办法，全部行不通。他更加害怕了。他害怕李毓昌随时可能把揭发材料上报，自己就要锒铛下狱了，他简直是恨透了李毓昌。
既然李毓昌一心一意要自己的命，王伸汉决定也不给李毓昌好看，杀机涌上了王伸汉的心头。他和包祥主仆二人凑在一起商量后生出一条毒计。
包祥给了李祥、顾祥、马连升三个人一大笔银子，和他们密谋毒杀李毓昌。嘉庆十三年十一月初六，也就是案发的当天夜里。王伸汉出面宴请前来查赈的所有官员。李毓昌赴宴后，被王伸汉灌醉。
回到住处后，到了深夜，李毓昌感觉嘴里又苦又渴，非常难受，就醒了过来。他喊了一声：“来人啊，拿醒酒汤来！”很快，李祥就端着一碗汤进了房间，他扶着李毓昌，伺候他喝下去。
喝完汤，李毓昌又迷迷糊糊睡了起来。没一会儿，李毓昌的肚子翻江倒海般剧烈疼痛起来，痛得他根本睡不着了，他在床上左右翻滚，大声呼叫。
在剧烈疼痛、意识模糊之间，李毓昌看到李祥等长随闻声而来，跑到床前围观，他们你看我，我看你，什么都不做。突然，跟过来看情况的包祥从李祥的身后跳出来，用双手从后面掐住了李毓昌的脖子。
这时，李毓昌用尽力气，瞪目斥问他们：“你们要干什么？”一旁的李祥非但没有制止，还冷笑着说：“仆等不能事君矣。”李毓昌知道大事不好，可惜很快就失去了意识，昏死过去。
李祥唯恐李毓昌不死，和包祥一人抱住李毓昌一条胳膊，马连升解下自己的腰带，把李毓昌吊在房梁上。杀死李毓昌后，他们几个人又伪造了李毓昌上吊自杀的现场。
初七一大早，李祥、顾祥和马连升跑到山阳县衙报案，声称主人李毓昌在夜间自缢身亡了。接到报案后，王伸汉赶往善缘庵查勘。
到了案发现场后，他赶紧命令随从先搜索李毓昌的文稿，把搜出来的纸稿一把火销毁了。然后，王伸汉才草草看了现场，就下结论说：“可怜啊，李大人自缢身亡了。”说完，他又下令一行人把卧室清理干净，然后派人将案情报告给了淮安知府王毂。
淮安知府王毂很快也带人赶到了案发现场。淮安府的仵作李标看到李毓昌面色青紫，口鼻出血，呈现中毒症状，就如实报告：“尸口有血。”
想不到王毂听到后勃然大怒，下令：“来呀，把李标推出去，杖责二十！”差役们把李标推到外面，噼里啪啦打了二十大板后架了回来。王毂对他大声喝道：“你再给我好好查验！”这一回，李标学乖了，在“尸格”上填写了“李毓昌上吊自杀”字样。
综上所述，李毓昌案案发经过可以简化为，李祥等人本来想用加入砒霜的醒酒汤毒杀李毓昌，想不到毒性发作得太快，李毓昌大声呼喊。在场的包祥临时起意，就和李祥、马连升一起，把李毓昌掐晕后吊死在了房梁上，并伪造了李毓昌上吊自尽的假象。之后，在王伸汉、王毂两级官员的配合下，李毓昌之死被当作“自缢身亡”逐级上报。
李毓昌案其实是案中案，第一案是王伸汉贪污救灾款，第二案是王伸汉指使他人杀害李毓昌。
不论哪一案，王伸汉都是罪魁祸首。他的罪过最大，被押解到刑部大牢后态度也最蛮横。王伸汉开始拒不认罪，经过刑部连日熬讯，还是拒不交代。也许，王伸汉还在幻想，只要自己不认罪，不招供，就不会被判处死刑。
但是刑部对付他这样的人自有一套办法，王伸汉毕竟五十多岁了，怎么可能熬得住？很快王伸汉的心理防线就崩溃了，他如实供述了自己贪污、行贿和杀人的罪行。
淮安知府王毂倒没有像王伸汉那样拒不招供，他宦海沉浮多年，知道此案已经通天，自己绝不会有什么好下场。于是他决心自杀。
之前，王毂随身携带了一面玻璃小镜子进入大牢，在刑部审讯间隙，他把镜子砸碎，用碎片划伤腹部，腹部流血不止，但没有生命危险。王毂一心求死，又划破了颈部的血脉。好在狱卒及时发现，把他救治了过来。
此后，王毂整个人都垮了，把自己贪污、受贿，帮助王伸汉遮盖杀人真相的罪行交代得清清楚楚。
李毓昌案至此大白于天下。嘉庆皇帝接到刑部报告后，第一感觉是：“江南竟有此奇案，可见吏治败坏已极。”
接着，嘉庆皇帝痛骂江苏各级官员：
“督抚大员，毫无觉察。朕知人不明，误用汝辈，诚朕之咎，不知汝等尚有何颜上事天子，下对万民？地方偶遇偏灾······不肖州县多有捏开侵冒，私肥己橐。其查赈委员贪图分润者，即与之通同作弊，是直向垂毙之饥民，夺其口食，已属毫无人心。不意山阳县查办赈务，因委员秉持公正，不肯扶同，畏其禀揭，竟至谋命灭口，实为从来未有之事！”
一场规模空前的大追责、大查办随即在两江官场展开。嘉庆首先颁发圣旨，命令两江总督铁保、江苏巡抚汪日章自行议罪，就是让他们自己给自己定罪，同时，摘去汪日章的顶戴。
没想到这个时候，两江总督铁保却自投罗网。铁保原来和李毓昌案关系不大，却因为没有认清局势，成了遭受严厉惩处的第一人。
当时，涉案人犯已经在北京认罪。铁保并不清楚刑部审讯的进度，还糊里糊涂地上奏说：“此事尚毫无端倪，容再加体访具奏。”他还提出了几个疑问，表达了自己对李毓昌案的怀疑。
铁保是两朝元老、封疆大吏，资历很深，本来与李毓昌案并没有太大关系，只需要对李毓昌的死承担领导无方的责任。但是他的奏折显示出他在袒护江苏当地官员，而且抓不住案件侦破的重点，暴露出他平时工作漫不经心，作风懒散。
铁保在不恰当的时候递上了一份不恰当的奏折，激怒了嘉庆皇帝，他看到铁保的奏折，第一感觉是：“有这样的糊涂总督，难怪江南腐败成风！”
于是嘉庆决定拿铁保开刀，杀一做百。他颁布了一道圣旨，毫不客气地批评铁保“糊涂至极”：
“自补放该职以来，不能详慎精勤而怠情玩忽，办河工则河工日见颓坏，讲吏治则吏治日见废弛，且听任所属之职员藐视法纪，贪戾残忍，己却醉生梦死，实不胜封疆重任，着令革职，发往乌鲁木齐效力赎罪。”
铁保就这么不光彩地被推出了政治舞台。
铁保的命运决定了李毓昌案不会草率结案。嘉庆皇帝紧接着处置了江苏省的其他官员。嘉庆斥责江苏巡抚汪日章：
“身为巡抚，所属有此等巨案却全无察觉，如同聋聩，尚不至如铁保之固执谬见，但已属年老无能，着令革职回籍。”
江宁布政使杨護负责救灾办赈，不但查不出王伸汉冒领赈银，就连查赈官员被害也浑然不觉，罪责比巡抚要重得多，“本应革职，但姑念其平日尚属实心，着令降留河工效力”。杨頀受到了降级的处分，被发配到河工系统戴罪立功。
江宁按察使胡克家对现任官员暴毙的重案，没有详细复核查验就草草结案，实属渎职“差入苗职，留河工效力以观后效”。
此案最终查明王伸汉侵吞了赈银两万三千两，其中一万两银子被王伸汉用来上下打点。嘉庆要求查抄王伸汉的家产。他的家产不足贪污数额部分，均由铁保、汪日章、杨頀、胡克家四人“摊赔”。
清朝官员对由自己造成的财政亏空，要自己拿钱补上缺口，这叫作“赔补”。对于没有办法确认财政缺口的，由相关官员分摊赔补，这叫作“摊赔”。
下一个被查办的官员是淮扬道道台叶观潮，叶观潮对山阳县虚报户口、侵吞赈银、杀人灭口之事一无所知，对辖区内的重大事件失察，难辞其咎。清朝的道是一个比较虚的行政区划，嘉庆皇帝对叶观潮的处分并不太严厉，只是给予革职留任的处分。
淮安知府王毂之前就收受王伸汉的贿赂，李毓昌被害后，他又收受王伸汉贿银两千两，对王伸汉的一系列罪行不管不问，情节严重。刑部一开始是依照“盗仓库钱粮一千两以上”的律例，拟判王毂“斩监候”，也就是斩首、缓期执行。
嘉庆接到判决后，非常不满。清朝死缓判决需要经过秋审环节。在秋审的时候再决定是归入“情实”立即执行，还是继续归入其他情况，然后不是释放就是继续羁押。
总之，死缓判决大多数都死不了。嘉庆皇帝对王毂的判决批复道：“何必稽延时日，着改为“绞立决”，即派刑部侍郎秦瀛监视行刑。”
嘉庆觉得王毂的死刑就不要等到秋审了，他迟早会判死刑的，何必拖延时间呢。
李毓昌案起源于查赈。此次苏北水灾，朝廷一共委派了同知林永升、候补知县李毓昌、府知事余清扬、州同龚国烜及谢为林、教谕章家璘、县丞张为栋、训导言廷璜、典史吕时雨及从九品官员温南峰、黄由贤等十一人查赈。
其中，林永生是负责人，名为总查。除了李毓昌外的十名调查官员，总查林永升，受贿一千两，按“盗仓库钱粮一千两”律例，被判以革职，杖一百，流放四千里。嘉庆皇帝也觉得太轻了，下令改为革职，杖一百，发往乌鲁木齐效力赎罪。
典史吕时雨，受贿九百两，从九品温南峰，受贿七百五十两，都按“盗仓库钱粮六百六十两”律例，被判以革职，杖一百，流放三千五百里。
训导言廷璜、县丞张为栋，各受贿三百两，府知事余清扬受贿二百两，按“盗仓库钱粮一百两以上至三百三十两”律例，被判以革职，杖一百，流放两千里。以上几人都附加抄没家产。
教谕章家璘，和李毓昌一样，洁身自好，没有接受贿赂，在查赈过程中认真办事。调查中没有发现章家璘的罪行。嘉庆皇帝得到报告后，总算是得到了一点安慰。嘉庆皇帝认为章家璘“吏风堪为可嘉”，提拔他为即用知县。
王伸汉的长随包祥，是陷害李毓昌的罪魁祸首之一，而且以下犯上，最终酿成巨案，按照“谋杀加功”律例，被判以夹刑一次，再行斩首。
李毓昌的长随李祥、顾祥、马连升，谋害主子，属于穷凶极恶，按照“雇工人谋杀家长、照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”律例，将顾祥、马连升各重责四十板再行凌迟处死。
而李祥又是谋害主子的元凶，必须从重惩处。嘉庆命令刑部派一名司官，把李祥押赴山东即墨，在李毓昌墓前夹刑一次，再凌迟处死，摘心致祭。
仵作李标，在王毂施压下，故意检验不实，被判以杖一百，流放三千里。李标当时已经超过七十岁了，还是不能拿钱恕罪。此外，案子查办过程中还发现林永升的家人薛元，收受了王伸汉的贿银一百两，被判处杖六十，徒刑一年。
王伸汉是此案的主犯。嘉庆皇帝说，王伸汉贪污两万多两救灾款，又谋杀李毓昌，已经法无可恕，“贪渎残忍，莫此为甚”，着立即斩首。贪污款项，除查没家产外，还勒令王家的亲属赔偿。
嘉庆皇帝对有罪人员的处置，应该说是很严厉的。对于案子的受害者，清正廉洁的李毓昌，嘉庆也不吝奖励。
他下旨追封李毓昌知府衔，按照知府例赐恤；按四品官例给予全葬银二百两，一次致祭银十二两，并把李毓昌的事迹宣付史臣，列入循吏传。
李毓昌死时没有子嗣，嘉庆恩准将其侄李希佐入继为嗣，加恩赏给举人功名。山东地方府、道官员捐资一千两，作为李毓昌遗孀林氏和嗣子李希佐日后的生活所需。
嘉庆亲自为李毓昌创作了《悯忠诗》五排三十韵，并捐资一千余两，命令地方官员在李毓昌墓前修建悯忠诗碑楼，作为褒奖。嘉庆皇帝让其叔父、成亲王抄写自己的诗句，镌刻在石碑上。
能够死后得到皇帝亲自嘉奖的官员并不多，至于知县级别的七品官更是少之又少，李毓昌却因为清正廉洁得到了皇帝如此厚重的嘉奖。李毓昌所受的恩遇，可谓是“旷古未有的恩典”。
“淮安奇案”至此才告终，该案情节曲折离奇，影响巨大，故被称为“清朝四大奇案”之一，也曾先后多次被当代影视作品改编。
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